Die Hemmung der PCR durch Umweltfaktoren ist ein häufiges Problem, das den empfindlichen Nachweis pathogener Mikroorganismen in Gewässern beeinträchtigt. Diese Hemmung wird durch einen von drei Mechanismen verursacht: Fehlende Lyse des Mikroorganismus; Abbau oder Sequestrierung der Nukleinsäure nach der Lyse; oder Hemmung der DNA-Polymerase während der Amplifikation. Eine Lösung zur Überwindung dieser Probleme ist die Verwendung handelsüblicher Kits, die für eine hocheffiziente Extraktion und Reinigung von Nukleinsäuren entwickelt wurden. Diese Kits sind darauf ausgelegt, diese drei Hemmmechanismen durch den Einsatz von optimierten Chemikalien und Verfahren zur Gewährleistung einer maximalen Lyse der Mikroorganismen zu überwinden; Konzentrationssäulen, die freigesetzte Nukleinsäuren binden und deren Waschen ermöglichen, um hemmende Substanzen zu entfernen; oder einer Kombination dieser beiden Ansätze. Während mehrere handelsübliche Kits zur Extraktion viraler Nukleinsäuren erhältlich sind, ist keines davon für die Verwendung in Gewässerproben konzipiert oder optimiert. Frühere Untersuchungen haben auch gezeigt, dass die Extraktionseffizienz in verschiedenen Wasserquellen sehr unterschiedlich sein kann und die Nachweiseffizienz durch molekulare Techniken wie RTPCR beeinflusst. Um die Extraktionseffizienz von vier kommerziellen RNA-Extraktionskits zu charakterisieren, wurden 2 l Umweltwasserproben (Trinkwasser, Oberflächenwasser, Grundwasser, Meerwasser und Abwasser) aus sechs geographisch unterschiedlichen Regionen der USA entnommen und mit einer Konzentration von ~1000 pfu/ml Poliovirus 2 und Bakteriophage MS2 angereichert. Die Proben wurden inkubiert und bei Raumtemperatur gründlich gemischt, um eine vollständige Durchmischung des Virus sicherzustellen. Von jeder Wasserprobe wurde ein 15 ml-Aliquot zur Analyse mittels Echtzeit-RT-PCR und Zellkultur entnommen. Anschließend wurden Wasserproben-Aliquots mit jedem RNA-Extraktionskit extrahiert und mittels Echtzeit-RT-PCR analysiert. Zusätzlich wurde eine destillierte Wasserprobe, angereichert mit ~1000 pfu/ml Virus, extrahiert und mittels Echtzeit-RT-PCR analysiert. ......